На сегодняшний день в военно-морском музее вниманию посетителям доступны для осмотра выставочное пространство атриума, 19 залов выставочного комплекса, из них шесть залов с постоянной экспозицией, в которые собраны главные экспонаты из основной части коллекции. В это число входят 2 000 моделей кораблей. Общий музейный фонд составляет около 700 тысяч предметов.
В центральном зале перед глазами гостей открывается экспозиция, посвященная истории российского флота до 1917 года. Особый вклад в создание коллекции внесли такие путешественники, как М.П. Лазарев и И.Ф. Крузенштерн. Их усилиями была создана удивительная коллекция флотской формы, флагов и нумизматики.

Основную часть коллекции составляют предметы корабельного быта и награды. На обозрение публики выставлено оружие императорской семьи. Так же можно полюбоваться на картины И. Айвазовского и Ф. Перро, А. Боголюбова и Н. Конди. Музей располагает огромным количеством экспонатов, связанных с мужеством и храбростью воинов-защитников Ленинграда в годы Великой Отечественной войны.
В 2013 году музей переехал из бывшей Фондовой биржи в заново отремонтированный комплекс Крюковских (Морских) казарм на площадь Труда. Общая площадь комплекса составляет около 32000 кв. метров. При его строительстве использовались последние технологии в сфере музейной индустрии.